رحل آية الله السيد الخوئي عن الدنيا في عام 1992وبعمر ناهز 94 عاما، وحينها لم يسمح النظام البائد في العراق بتشييع المرجع الكبير، واقام المرجع السيستاني صلاة الجنازة على المرجع الخوئي الراحل بمعية عدد من طلبة المرجع وذلك في وضع متكتم في اواسط تلك الليلة التي توفي فيها واقميت الصلاة عليه في الصحن الشريف لمرقد الامام علي عليه السلام ودفن في مسجد الخضراء.
الفيديو المنشور لصلاة الجنازة على الراحل المرجع الخوئي وتم نشره حاليا ولاول مرة.