نقل بعض طلبة العالم العارف الملا هادي السبزواري، أنّه أنهى درسه في آخر يوم من حياته، ثمّ قال بالفارسية بما ترجمته:
"التجلّي واحد، المتجلّي واحد، المتجلّى له واحد، إلى متى أقول؟.. ؛ مَن كان آخر كلمته لا إله إلاّ الله وَجَبَت له الجنّة".
ثمّ انتابته حالة أشبه بالسُّبات، ولفظ أنفاسه دفعةً واحدة.
وتوفي الحكيم السبزواري عن عمر ناهز الثامنة والسبعين في سبزوار يوم 28 ذي الحجة 1289 هـ الموافق 26 فبراير عام 1873م، ودفن فيها.