عاش السيد علي القاضي فقيراً ومات فقيراً ,بل في أقصى مراتب الفقر , وخاصّة في أوائل سنين قدومه النجف الأشرف بحيث كان عاجزاً حتى عن دفع إيجار دار السكن, وقد رُمي يوماً أثاث منزله في الشارع فاضطر أن ينتقل بعائلته إلى إحدى غرف مسجد الكوفة المعدة لمبيت الزّوار.
ويقول السيد عباس الكاشاني الذي كان ساكناً في كربلاء, وكان السيد القاضي يقيم في منزله عندما يأتي لزيارة كربلاء : كان السيد القاضي يعاني من صعوبات شديدة بسبب ضيق المعيشة وكثرة أولاده .
وقد تبرّع أشخاص عديدون بتهيئة منزل كبير له للسكنى فيه ولكنّه رفض ذلك .
ومع ذلك لم يثنه الفقر عن التوجّه الكامل لله عزّ و جلّ . يقول العلامة الطباطبائي : عندما انتقل السيد القاضي إلى مسجد الكوفة , ذهبت لزيارته , وجدته وجميع أفراد عائلته مصابين بالحمى, وعندما كبّر المؤذن للصلاة قام – كعادته – لأداء الصلاة في أوّل وقتها ثم تلا بتوجّه كامل قوله تعالى :
( آمن الرسول بما أنزل إليه من ربه والمؤمنون كلّ آمن بالله وملائكته وكتبه ورسله لا نفرق بين احدٍ من رسله وقالوا سمعنا واطعنا غفرانك ربّنا واليك المصير)
ثم استغرق بالذكر والدعاء بهدوء عجيب وكأنّ شيئاً لم يكن .