استنادا إلى معظم المؤرخين والأكاديميين في مجال اللغات فإن التوراة -التي تعتبر أقدم كتاب ديني ذكر قصة نوح- هي في الحقيقة عبارة عن مجموعة من المخطوطات كتبت من قبل العديد من الكتاب وليس من كاتب واحد أو مصدر واحد، وإنها على الأغلب قد جمعت في القرن الخامس قبل الميلاد . ونتيجة الاختلاف في المصادر فإن التوراة تُظهر شخصيتين متناقضتين لنوح فتارة نرى نوح كرجل زاهد قريبا من "الخالق الأعظم" الذي اختاره ليخلص البشرية من الدمار، وتارة أخرى نرى التوراة تصف نوح كأول فلاح في البشرية وكان أول صانع للنبيذ. ويرى بعض المحللين إن هذا التناقض في وصف الشخصية قد يكون معناه أنه ربما حدث خطأ أثناء نقل الروايات وإن بطل قصة الطوفان قد يكون جد نوح واسمه بالعبرية أينوخ وبالعربية نوح وإن هناك إحتمإلا أن التشابه في العبرية بين اسمي نوح وآينوخ قد يكون سببا رئيسيا في هذا التناقض .

تشير الأبحاث الجيولوجية واستنادا إلى دراسة المتحجرات وطبقات علم الأرض إن هناك دلائل على حدوث فيضان في منطقة الشرق الأوسط في العصور القديمة ولكن الأبحاث لم تؤكد المعتقد الديني السائد أن الطوفان المذكور قد شمل جميع بقاع الأرض . وتشير دراسات من جامعة كولومبيا في الولايات المتحدة الأمريكية أن البحر الأسود كان عبارة عن بحيرة في العصر الجليدي وأن درجة حرارة الأرض بدأت بالارتفاع قبل حوالي 12,000 عاما وبدأت الكتل الجليدية بالانصهار، وأنه قبل ما يقارب 7000 عاما حدث امتداد لمياه البحر المتوسط وحدث طوفان باتجاه تركيا ، وكانت قوة الطوفان معادلة لما يقارب 200 مرة قوة شلالات نياجارا.

تشير دراسة المتحجرات إلى حدوث سلسلة من الفيضانات بين عامي 4000 إلى 2000 قبل الميلاد في ما كانت تسمى سابقا بلاد ما بين النهرين والتي كانت تشمل الأرض الواقعة بين نهري دجلة والفرات بما فيها أراضي تقع الآن في سوريا وتركيا والعراق ، وأنه من المحتمل جدا أن يكون قصة الطوفان قد نشأت من إحدى هذه الفيضانات وتركت أثارا واضحة في كتابات وأساطير ومعتقدات هذه المنطقة في الشرق الأوسط .