ولد محسن الطباطبائي الحكيم في شهر شوال 1306 هـ بمدينة النجف، وينتسب لأسرة الحكيم ترجع جذورها إلى جبل عامل في جنوب لبنان، وقد سُميت بذلك حيث كان أحد أجداده ـ وهو "علي" ـ طبيباً مشهوراً، ومنذ ذلك الزمان اكتسبت العائلة لقب "الحكيم"، بمعنى الطبيب، وأصبح لقباً مشهوراً لها. وقد كان جده مهدي الحكيم من مدرسي علم الأخلاق المعروفين في زمانه, وأما أمه فهي حفيدة الفقيه الشيعي عبد النبي الكاظمي.